校旗
府立第五中学校時代
東京都立小石川高等学校時代
昭和50年12月に校旗が新調されたとの記録があり、学校資料室にはこれが「作製，昭和50年」とのラベルとともに保管されている。
東京都立小石川中等教育学校時代
2006年 (平成18年) に中等教育学校が開校し、中等教育学校の校章とともに校旗も作成された。高等学校から中等教育学校への移行期でおそらく入学式は中等教育学校の校旗、卒業式は高等学校校旗が掲揚されていたと思われるがその他の両者が混在する行事等で高等学校と中等教育学校の校旗がどのように使われていたのかは不明。
初代校旗は日光などの影響で一部褪色がみられるようになったため、2013年の95周年を機に紫友同窓会、PTA、紫友会から新しい校旗が寄贈された。初代校旗では灰色だった輪郭線や「Ｓ」の字が２代目校旗では白色に変更されている。ただし従来から白色だった「Ｋ」の字部分と比べるとわずかに白度が落ちているのでかろうじてKとSの交差が判別できるような配慮はある。
